当寺は昭和二年(1927)新潟市元祝町願隨寺布教所として創立し、臨港開発株式会社（現在のリンコーコーポレーション）発足当時、「土地、建物を提要するから山ノ下の発展に寄与してくれ」との要請で、開発事業に貢献する。
昭和二十年(1945)8月10日、大東亜戦争により臨港町一帯の家屋の強制疎開に遭い、臨港町に仮本堂建立。願隨寺より独立し真宗佛光寺派凡聖寺と改称、真宗佛光寺派の末寺となる。
その後、新潟地震による被害があり、幸い焼失はまぬがれたが、平成十年(1998)新潟みなとトンネル新設にあたり現在地に移転、現在に至る。